A Estácio disponibiliza cinco programas de pós-graduação stricto sensu, dos quais três oferecem mestrado e doutorado (Direito, Educação e Odontologia). São dois cursos de mestrado acadêmico (Direito e Educação) e três profissionais (Administração e Desenvolvimento Empresarial, Odontologia e Saúde da Família), avaliados com conceitos entre 3 e 5.
